快速生化分析儀探針和攪拌棒采用激流式等方式自動沖洗。清洗裝置一般由吸液針、吐液針和擦拭刷組成。清洗工作流程為吸出反應---吸干---注入純水吸干---擦干。清洗液有堿性和酸性兩種。一般說來，在吸出反應液后，儀器先用堿性液沖洗，再用酸性液沖洗，最后用去離子水沖洗三遍。擦拭刷的功能是吸去杯壁上掛淋的水，刷體內部有負吸裝置。使用進程中要注意擦拭刷是否磨損。
值得注意的是，對于常規(guī)沖洗還不能清除交叉污染的實驗要特別處理，以減少交叉污染或攜帶污染。例如，膽固醇測定試劑中的膽酸鹽對血清總膽汁酸的測定有干擾，在消除交叉污染的程序中，可輸入程序，指令總膽汁酸不在測試膽固醇的比色杯中進行測定，如不能避開，儀器則對比色杯進行特別沖洗，防止發(fā)生交叉污染。
沖洗水的水溫自動控制到與恒溫反應槽溫度相近，保證反應系統(tǒng)的恒溫，并增加去污力。急診測定后采用針對性清洗，似乎比采用固定的全面清洗程序更有效率更經濟。耗水量儀器間相差較大。
國康全自動生化分析儀等系統(tǒng)具有自動清洗功能和最佳標本順序選擇功能。即儀器根據試劑或樣品間交叉污染的項目組舍，自動改變檢測順序，避免互有影響的分析項目，確實無法回避時，則采用選定的特殊清洗劑做自動清洗。
